基因序列
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2023年2月18日发(作者：唐僧的性格)如何查找基因序列？（转载）
(2010-08-0111:47:41)
如何查找基因序列？
——在Genbank中寻找目的基因的实例
——献给受类似问题困扰的广大酷友，以及给我动力和信心发表原创
帖的基因酷的朋友们。
酷友感言：网络的世界很精彩，网络的查询很无奈。为了我们的科学
研究事业，为了我们能够顺利毕业，我们的广大酷友们在网络的海洋
里遨游„遨游„咋就找不到彼岸呢？今天要设计这个基因的PCR引
物，明天又要查那个基因的信息，那么大一张网，唉想起来就郁闷„„
鉴此，我们推出了利用Genbank查找基因序列的帖子，希望对大家有
所帮助，并请大家多多指教！当然，如果您已经是此中高手，那就权
当我是班门弄斧了，呵呵。
1.根据文献
搞reasearch肯定要读文献的，如果你曾经在文献中看到过你感兴趣
的基因，而且文中还提到了该基因在Genbank中的ID号，那就好办了，
直接打开，在Search后的下拉框中
选择Nucleotide，把GenbankID号输入GO前面的文本框中，点“GO”，
就可以找到他了。
举例说明，例如：在2003年JBC的文章（ConditionalKnock-outof
Integrin-linkedKinaseDemonstratesanEssentialRolein
ProteinKinaseB/AktActivation）中出现了“calreticulin
(GenBankaccessionnumbergi16151096)”，那么把“16151096”
输入GO前面的文本框中，点“GO”，就可以找到该基因了（当然包括
基因序列等相关信息）。
在出现了检索结果界面（下图）后，直接点击红箭头所指的AY047586
就可以看到基因的相关信息了...（呵呵，是不是有点太......easy
了）
这里需要指出一下，在显示基因的页面右侧有一个Link，点击后出现
一个小菜单，里面是与该基因相关的链接，很有用的，值得一个一个
地去看看，这里我就不多说了。点击AY047586后出现的界面如下：
如果你只想获得序列（例如去设计PCR引物的时候），那就可以选择
FASTA，这样就得到了FASTA格式的序列文件，没有其他数字和格式的
干扰。
（缩略图，点击图片链接看原图）这就是FASTA格式的序列：
（缩略图，点击图片链接看原图）2.根据已经获得的基因的相关信息
进行查找（待续......）
鼓励一下吧，累坏了正如路漫漫所说，如果只是知道基因的名字，怎
么查序列呢？还是举例说明，比如我想做的基因名称是人的VEGF基
因，那么怎么在Genbank中找到它呢？还是一步一步来...打开
/
在search后面的下拉框中选择Gene，然后在中间的文本框中输入基
因名称“VEGF”，点击GO...
搜索结果出来了，letmesee...啊，怎么这么多？689条，哪一条
是我想要的基因呢？
（作者注：这也许是大多数人对Genbank的第一印象，即东西太多了，
不知道是哪个。）
别急，咱们慢慢来，我就要亮出去伪存真的秘密武器了，呵呵点击箭
头所指的Limits
Limits的意思其实就是高级检索，你可以在这里对检索词进行很多限
制，这样能大大精简查询结果。
我们接着来，在Limits这个界面，先选择查询的限定范围。我们要找
什么基因来着？想起来了，是人的VEGF基因，那就开始选择：先选
Genename(基因名称)；然后再选择LimitbyTaxonomy（生物分类限
定）中的Homosapiens（人类），然后再点击“GO”哇，只有一个结
果，是不是搞定了？（呵呵，好有面子哦[]）
直接点击基因名称“VEGFA”就可以看到有关基因的信息了。
需要指出的是，在Genbank中，基因有很多别名（Aliases），和Genbank
中记录的名称有可能不一致，大家要睁大眼睛哦。比如在这里，VEGFA
是Genbank中记录的基因名称，而它还有很多别名，比如MGC70609,
VEGF（这就是我们要找的基因名称）,VEGF-A,VPF；还有，在这里
可以看到该基因在染色体上的位置...点击VEGFA后出现界面
再往下看，可以看到Genomicregions,transcripts,andproducts，
这里显示了该基因在基因组中的位置，以及转录本的生成情况：
就看见了目的基因的mRNA的链接（如NM_001025366.1）和蛋白质的
链接（如NP_001020537.2）
这里得说两句，有的基因也许只有一个编码序列，但有的基因有很多
的mRNA剪接体，但都是归在一个基因名称下面。比如，在VEGF基因
下面有7个序列，分别是vascularendothelialgrowthfactorA
isoforma,isoformc,isoformd,isoforme,isoformf,isoform
g,isoformbprecursor，但是哪个是自己想找的基因呢？这就需要
根据你自己查阅的文献以及在这些基因序列后面的解释来确定了。
如果我想找的基因是第一个序列即isoforma,就可以点击
NM_001025366.1，得到如下界面：
怎么，是不是很熟悉，下面的东西就不用我罗嗦了吧（砖头来了，我
闪～～）总结一下
说来其实很简单，就是利用Genbank的检索功能。也许大家的检索文
献能力很强，但是面对Genbank这个庞然大物有却些打怵，加之初涉
基因，相关知识不足，所以很多时候都是费力无穷却无功而返。还是
那句话，战略上藐视，实践中重视。多花些时间了解Genbank，不要
上来就狂查一通。先把检索功能学习学习会更容易达到目的，磨刀不
误砍柴工嘛，呵呵。
啥，就剩一句了？那好，谁把上网费给俺报了....
最后，如果你觉得这个帖子有点用处，帮忙顶一下，谢谢支持！非常
优秀的一篇帖子，通过百度和站内搜索得出的结果却很有些令人困惑
的地方，呵呵