摘要翻译
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2023年2月12日发(作者：)Currentadvancesinsystemsandintegrativebiology
Systemsbiologyhasgainedatremendousamountofinterestinthelastfewyears.
Thisispartlyduetotherealizationthattraditionalapproachesfocusingonlyonafew
moleculesatatimecannotdescribetheimpactofaberrantormodulatedmolecular
rmore,ahypothesis-drivenstudyaimsto
proveordisproveitspostulations,whereasahypothesis-freesystemsapproachcan
tterapproach
foregoesassumptionswhichpredicthowabiologicalsystemshouldreacttoanaltered
micro-environmentwithinacellularcontext,acrossatissueorimpactingondistant
onally,re-useofexistingdatabysystematicdataminingand
re-stratification,oneofthecornerstonesofintegrativesystemsbiology,isalsogaining
remendouseffortsusingasystemsmethodologyhavealready
yieldedexcellentresults,itisapparentthatalackofsuitableanalytictoolsand
purpose-builtdatabasesposesamajorbottleneckinapplyingasystematicworkflow.
Thisreviewaddressesthecurrentapproachesusedinsystemsanalysisandobstacles
oftenencounteredinlarge-scaledataanalysisandintegrationwhichtendtogo
unnoticed,
wideapplicability,rangingfrombasicresearch,diseasedescriptors,pharmacological
studies,topersonalizedmedicine,makesthisemergingapproachwellsuitedto
addressbiologicalandmedicalquestionswhereconventionalmethodsarenotideal.
当今在系统生物学和整合生物学方面的进展
在过去几年里，系统生物学已经获得了人们极大的关注。部分原因是人们认
识到传统方法在同一时间只能聚焦几个分子，无法对跨系统异常分子所产生的影
响或调节的分子环境进行描述。此外，假设驱动研究旨在证明或反驳它的假定，
然而假设无系统研究最终可以产生一个不带偏见的、新颖可检验的假设。第二种
方法放弃了能预测生物系统在细胞内如何通过组织或对影响远处器官来应对变
化了的微环境的所有假设。另外，挖掘系统数据和重新分类整理现存资料后重新
使用的方法，也日益受到关注。其中，挖掘系统数据和重新分类整理的方法是整
合系统生物学的基石之一。虽然使用系统的分析方法所付出的巨大努力已取得了
良好的效果，但是在系统工作流程的应用中，缺乏合适的分析工具和专用的数据
库是一个重大的瓶颈，这一点是显而易见。这一回顾阐述了应用在系统分析中的
现代方法和在大规模系统分析和整合中经常遇到的障碍，这些障碍往往易于被忽
视，但对系统分析方法的最终结果产生直接影响。由于它的适用范围广，使得这
一新兴的方法非常适合于解决常规方法不能很好解决的生物学和医学问题。它的
适用范围从基础研究，疾病描述，药理研究，到个性化药物。
Molecularbiologyofviroid–hostinteractionsanddiseasecontrolstrategies
Viroidsaresingle-stranded,covalentlyclosed,circular,highlystructurednoncoding
replicateautonomouslyandmovesystemicallyinhostplantswiththeaidofthehost
tiontosymptomaticinfections,viroidsalsocauselatentinfections
wherethereisnovisualevidenceofinfectioninthehost;however,transfertoa
herearenon-hostsfor
viroids,nonaturallyoccurringdurableresistancehasbeenobservedinmosthost
teffectivecontrolmethodsforviroiddiseasesincludedetectionand
eradication,tion,heatorcoldtherapycombinedwith
meristemtipculturehasbeenshowntobeeffectiveforeliminationofviroidsfor
someviroid–rstandingofviroid–hostinteractions,host
susceptibility,andnon-hostresistancecouldprovideguidanceforthedesignof
stoengineerviroidresistanceintohostspecieshave
beenunderwayforseveralyears,andincludetheuseofantisenseRNA,antisense
RNAplusribozymes,adsRNase,andsiRNAs,ultsofthose
effortsandthechallengesassociatedwithcreatingviroidresistantplantsare
summarizedinthisreview.
类病毒宿主相互作用和疾病控制战略的分子生物学
类病毒是单链的，共价闭合的，圆形的，高度结构化的非编码RNA，它能
使几个重要经济作物发生疾病。在宿主内环境的帮助下，他们能在宿主体内自主
复制，全身移动。除了症状的感染外，类病毒也会导致潜在感染，虽然潜在感染
在宿主体内没有明显迹象，然而，当它转移到易感宿主体内时即可产生破坏性的
疾病。虽然在大多数宿主物种也观察到了非寄生性类病毒，但它没有寄生性类病
毒的耐受性。目前，对于类病毒疾病的有效控制方法包括检测、根除和环境控制。
此外，人们已经证明了，对某些类病毒-宿主组合体来说，热激或冷激疗法结合
茎尖培养是有效清除类病毒的方法。通过对类病毒-宿主相互作用，宿主易感
性，和非宿主抗性的理解可以为类病毒抗性植物的设计提供了指导。设计类病毒
抗性基因导入宿主细胞的工作已经进行了数年，包括使用反义RNA，反义RNA
加核酶和干扰RNA等。这些努力的结果和创建类病毒抗性植物所面临的挑战，
都在本文章中进行了归纳总结。
Autophagicregulationofsmoothmusclecellbiology
Autophagyregulatesthemetabolism,survival,andfunctionofnumerouscelltypes,
asculature,changesin
autophagyhavebeendocumentedinatheroscleroticandrestenoticlesionsandin
logyofvascularsmoothmusclecellsappears
evidenceindicates
thatstimuliorstressorsevokedduringthecourseofvasculardiseasecanregulate
autophagicactivity,
particular,certaingrowthfactorsandcytokines,oxygentension,andpharmacological
antly,each
ofthesestimulihasaredoxcomponent,typicallyassociatedwithchangesinthe
abundanceofreactiveoxygen,nitrogen,tivefindingssupport
thehypothesisthatautophagyplaysacriticalroleinvascularremodelingby
regulatingsmoothmusclecellphenotypetransitionsandbyinfluencingthecellular
graphicalreview,wesummarizecurrentknowledgeonthe
roleofautophagyinthebiologyofthesmoothmusclecellinphysiology.
平滑肌细胞生物学的自噬调控
自体吞噬调节许多细胞类型的代谢、存活和功能，包括对心血管系统的调节。
人们已经记录了自体吞噬在动脉粥样硬化、再狭窄病变和在高血压病人血管中发
生的变化。在自噬程序中，血管平滑肌细胞的生物机能会出现特别敏感的变化。
最近的证据表明，发生血管疾病期间所诱发的刺激和应激能调节自噬活性，从而
调整血管平滑肌细胞的表型和生存能力。已经证明，特别是某些生长因子和细胞
因子，氧张力和药物能引发平滑肌细胞的自噬。重要的是，每一个刺激因素都具
有氧化还原组分，在活性氧，氮或脂质过量的情况下能导致这些变化。集体研究
结果支持了自噬在血管重塑通过调节平滑肌细胞表型转变，并通过影响细胞对压
力的反应中发挥关键作用的假设。在此文章中，我们总结了生理学领域，自噬在
平滑肌细胞的生物学作用的现有知识。