its序列

its序列

时事新闻课-租房合同word免费下载

2023年3月20日发(作者：我不再胆小)

ITS构建系统发育树-如何进行序列文件的两端切齐

多数文章中的ITS系统发育树中的序列由ITS1+5.8S+ITS2三个区段组成。

大家是否知道自己用来构建ITS系统树的序列是从ITS1开始到ITS2结束的呢？

ITS建树的比对文件的序列两端该如何切齐呢？从哪里开始切呢？针对这个问

题，这里和大家分享一下。

我们知道完整的ITS序列是从ITS1区段开始的。那么，如何找到ITS1的开端？

要解决这个问题我们就要用到GenBank(搜索即可)。以炭疽菌为例：输入关键词

ColletotrichumITS,点击一条ITS的序列(注：要为已经发表序列)，找到如下

图所示的序列定义。

从上图我们可以看到ITS1是从第5位碱基开始的。而ITS2的结尾是第510位。

这时我们就可以将这条网上的序列与自己手里的序列进alignment，将ITS1的

开端找到，并将ITS2的结尾找到。将ITS1前端的18S的碱基删除，再将ITS2

后端的28S的碱基删除。

以这条完整的ITS序列为准进行多序列比对，这样就可用我们的那条序列为基准

进行两端切齐了。切齐后得到的序列比对文件才是真正的ITS的alignment文件。

再将结果保存成自己需要的格式用于后续的建树分析。