保护碱基
保护碱基
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2023年2月10日发(作者：espi)PCR设计引物时酶切位点的保护
酶寡核苷酸序列
切割率%
2hr20hr
AccIGGTCGACC
CGGTCGACCG
CCGGTCGACCGG
0
0
0
0
0
0
AflIIICACATGTG
CCACATGTGG
CCCACATGTGGG
0
>90
>90
0
>90
>90
AscIGGCGCGCC
AGGCGCGCCT
TTGGCGCGCCAA
>90
>90
>90
>90
>90
>90
AvaICCCCGGGG
CCCCCGGGGG
TCCCCCGGGGGA
50
>90
>90
>90
>90
>90
BamHICGGATCCG
CGGGATCCCG
CGCGGATCCGCG
10
>90
>90
25
>90
>90
BglIICAGATCTG
GAAGATCTTC
GGAAGATCTTCC
0
75
25
0
>90
>90
BssHIIGGCGCGCC
AGGCGCGCCT
TTGGCGCGCCAA
0
0
50
0
0
>90
BstEIIGGGT(A/T)ACCC010
BstXIAACTGCAGAACCAATGCATTGG
AAAACTGCAGCCAATGCATTGGAA
CTGCAGAACCAATGCATTGGATGCAT
0
25
25
0
50
>90
ClaICATCGATG
GATCGATC
CCATCGATGG
CCCATCGATGGG
0
0
>90
50
0
0
>90
50
EcoRIGGAATTCC
CGGAATTCCG
>90
>90
>90
>90
CCGGAATTCCGG>90>90
HaeIIIGGGGCCCC
AGCGGCCGCT
TTGCGGCCGCAA
>90
>90
>90
>90
>90
>90
HindIIICAAGCTTG
CCAAGCTTGG
CCCAAGCTTGGG
0
0
10
0
0
75
KpnIGGGTACCC
GGGGTACCCC
CGGGGTACCCCG
0
>90
>90
0
>90
>90
MluIGACGCGTC
CGACGCGTCG
0
25
0
50
NcoICCCATGGG
CATGCCATGGCATG
0
50
0
75
NdeICCATATGG
CCCATATGGG
CGCCATATGGCG
GGGTTTCATATGAAACCC
GGAATTCCATATGGAATTCC
GGGAATTCCATATGGAATTCCC
0
0
0
0
75
75
0
0
0
0
>90
>90
NheIGGCTAGCC
CGGCTAGCCG
CTAGCTAGCTAG
0
10
10
0
25
50
NotITTGCGGCCGCAA
ATTTGCGGCCGCTTTA
AAATATGCGGCCGCTATAAA
ATAAGAATGCGGCCGCTAAACTAT
AAGGAAAAAAGCGGCCGCAAAAGGAAAA
0
10
10
25
25
0
10
10
90
>90
NsiITGCATGCATGCA
CCAATGCATTGGTTCTGCAGTT
10
>90
>90
>90
PacITTAATTAA
GTTAATTAAC
CCTTAATTAAGG
0
0
0
0
25
>90
PmeIGTTTAAAC
GGTTTAAACC
GGGTTTAAACCC
AGCTTTGTTTAAACGGCGCGCCGG
0
0
0
75
0
25
50
>90
PstIGCTGCAGC
TGCACTGCAGTGCA
AACTGCAGAACCAATGCATTGG
AAAACTGCAGCCAATGCATTGGAA
CTGCAGAACCAATGCATTGGATGCAT
0
10
>90
>90
0
0
10
>90
>90
0
PvuICCGATCGG
ATCGATCGAT
TCGCGATCGCGA
0
10
0
0
25
10
SacICGAGCTCG1010
SacIIGCCGCGGC
TCCCCGCGGGGA
0
50
0
>90
SalIGTCGACGTCAAAAGGCCATAGCGGCCGC
GCGTCGACGTCTTGGCCATAGCGGCCGCGG
ACGCGTCGACGTCGGCCATAGCGGCCGCG
GAA
0
10
10
0
50
75
ScaIGAGTACTC
AAAAGTACTTTT
10
75
25
75
SmaICCCGGG
CCCCGGGG
CCCCCGGGGG
TCCCCCGGGGGA
0
0
10
>90
10
10
50
>90
SpeIGACTAGTC
GGACTAGTCC
CGGACTAGTCCG
CTAGACTAGTCTAG
10
10
0
0
>90
>90
50
50
SphIGGCATGCC
CATGCATGCATG
ACATGCATGCATGT
0
0
10
0
25
50
StuIAAGGCCTT
GAAGGCCTTC
AAAAGGCCTTTT
>90
>90
>90
>90
>90
>90
XbaICTCTAGAG
GCTCTAGAGC
TGCTCTAGAGCA
CTAGTCTAGACTAG
0
>90
75
75
0
>90
>90
>90
XhoICCTCGAGG
CCCTCGAGGG
CCGCTCGAGCGG
0
10
10
0
25
75
XmaICCCCGGGG
CCCCCGGGGG
CCCCCCGGGGGG
TCCCCCCGGGGGGA
0
25
50
>90
0
75
>90
>90
注释：
1．如果要加在序列的5’端，就在酶切位点识别碱基序列（红色）的5’端加
上相应的碱基（黑色），相同如果要在3’端加保护碱基，就在酶切位点识
别碱基序列（红色）的3’端加上相应的碱基（黑色）。
2．切割率：正确识别并酶切的效率
3。加保护碱基时最好选用切割率高时加的相应碱基。